考量海洋工程專業實務研發人才稀少與養成不易，尤其技職體系在高級海洋科技人才培育方面更是付之闕如，為提供栽培高階優質的海洋技術及研發人才培育，及積極落實國家國艦國造及離岸風電海洋政策，遂成立以「跨院系專長、永續海洋發展、技職人才優先」國際級技術研究中心為標的之「海事科技產學合作博士班」。
本博士班成立於2014年，配合學校組織調整於2019年8月改名為海事科技產學合作博士班(原為海洋科技產學合作博士班)，由本學院專任及優秀的合聘師資共同整合，來培育台灣海事產業高階技術及研發人才。
航運技術、輪機工程、造船科技、電訊工程、海事資訊科技、離岸風電、海洋工程技術等相關主題。
鼓勵博士班學生選修不同領域之專業課程，擴展學習知識、專業技術能力，博士班專長（專業）課程分別開設四大主題課程，分別為水下通訊與電子專長、海洋工程專長、海洋環境與物理專長、船舶交通運輸：
核心課程：海洋專題、專題討論、工程倫理與海洋永續發展
業界實習研究課程：為確保達到「產學合作、技職優先」目標，特將「業界實習研究課程」列為必修課程，以及「產業實務講座課程」邀請台塑企業各領域處長、組長、廠長級之資深主管精彩實務演講，並安排參觀麥寮六輕石化園區。
專長（專業）精進課程：
水下通訊與電子專長：統整水上與水下之通訊系統開發、海洋相關半導體元件開發課程，修習課程如：如水下高等訊號處理、水下感測系統與設計、水下半導體感測、工程軟體開發、水上與近海綠能系統等。
海洋工程專長：發展綠能海洋研究載臺與海洋工程，修習課程如：船舶推進專論、船舶結構設計、計算流體力學導論、海上安全設備專論、海洋流體動力分析、離岸工程、海洋工程計畫評估等。
海洋環境與物理專長：偏重於近海環境污染調查，修習課程如：科研創新管理實務、海洋議題研究方法、海洋環境系統分析、高等空氣污染防制、有害場址調查與整治、底泥監測與評估、風險為基準之環境污染整治等。
船舶交通運輸：整合船舶交通及運輸技術能力，發展綠色船舶及無人船舶技術開發研究，推廣船舶交通規劃及研究等。
本博士班將是以彌補國內在海洋研究方面「技術整合」部分之缺口為目標，發揮技職訓練中海洋工程各項技術整合之專長，進一步提升技職教育之品質與水準。